Военную службу закончил в 1991 г. в должности начальника Таллинского высшего военно-политического строительного училища.

         Награждён орденом «За службу Родине в Вооружённых силах СССР" III ст., орденом Красной звезды, медалью «За воинскую доблесть. В ознаменование 100-летия со дня рождения В. И. Ленина», многими другими медалями.

        14 апреля 2022 г. на Федеральном военном мемориале состоялась церемония перезахоронения генерал-лейтенанта Аунапу Евгения Михайловича.