В августе 1981 года поступил на службу в Вооружённые силы, в Рязанское высшее воздушно-десантное командное училище, которое окончил в 1985 году. Проходил службу в должностях командира парашютно-десантного взвода, заместителя командира и командира парашютно-десантной роты в составе 387-го гвардейского парашютно-десантного полка, дислоцированного в городе Фергане Узбекской ССР и готовившего специалистов для боевых действий в составе ограниченного контингента советских войск в Афганистане.
       Заместитель командира 218-го отдельного батальона специального назначения ВДВ. 12 апреля 2000 года за мужество и героизм, проявленные при выполнении воинского долга в Северо-Кавказском регионе, присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая звезда».

        Награждён орденом Мужества, медалью «За отвагу» и многими медалями.

          12 марта 2021 г. на Федеральном военном мемориальном кладбище состоялась церемония захоронения Героя Российской Федерации, полковника Непряхина Андрея Анатольевича.