В 1950 г. окончил Борисоглебское военное авиационное училище летчиков.

Награждён тремя орденами Красной Звезды, орденом «За службу Родине в Вооружённых Силах СССР» III ст., медалью «За воинскую доблесть. В ознаменование 100-летия со дня рождения Владимира Ильича Ленина» и многими медалями.

10 сентября 2021 г. на Федеральном военном мемориале состоялась церемония захоронения генерал-майора авиации Шкурко Евгения Прокофьевича.